同时，同盟会和光复会的矛盾也愈加激烈，在江浙各地屡起冲突，光复会领袖陶成章和陈其美也隔阂甚深。1912年1月间，汤寿潜辞去浙江都督职务，浙江光复会方面纷纷出面推举陶成章为浙督，对同盟会构成潜在威胁。
1月14日，作风泼辣的陈其美，竟指使蒋介石在上海广慈医院将陶成章刺死。革命党人之间的自相残杀，致使舆论轰动，蒋介石被迫赴日本回避，陈其美的声誉也受到极大创伤。
1912年3月底，袁世凯授命唐绍仪组成民国政府第一届内阁，以陈其美为工商总长，实际上是调虎离山之计。陈其美则以沪军军需浩大，向商界借款一时无法清还为由，迟迟不愿赴北京上任，内阁只能以次长代职。因此袁世凯对陈其美极为忌恨。
7月12日，袁世凯任命黎元洪为湖北都督、谭延闿为湖南都督、蒋尊簋为浙江都督、李烈钧为江西都督、尹昌衡为四川都督、张凤为陕西都督、陆荣廷为广西都督、蔡锷为云南都督，其间并没有沪军都督陈其美的任命。陈其美知道卸任在即，只好与江苏都督程德全准备交接工作。