到了这个时候，严世蕃仍然有恃无恐。他聚集其党私下谋划，认为在自己的罪行中，行贿已经是无法掩盖的事实，但那不是皇上所深恶的方面，而“聚众以通倭”的罪名大，必须设法删除。还补充填写杨继盛、沈炼之狱的事，这样既可激怒皇上，又可得到赦免。谋划好了以后，他又让他的党徒到处去宣扬。于是主持审理案件的刑部尚书黄光异、左都御史张永明、大理寺卿张守直听信了传言，草拟了这一内容的疏稿，准备进呈给皇帝。
他们先将此疏稿带给徐阶过目。徐阶看过狱词后，对大理寺的官员说：“你们这是要严公子活啊？”大理寺的官员说：“一定要他死，怎会让他活？”
徐阶说：“这些罪都是严嵩父子巧借皇上之手做的。你们把这些列为罪状死的是你们，严公子明天就骑马出城了。”大理寺的官员惊惶请教，徐阶拿笔只列一条罪状，即严世蕃勾结倭寇，图谋造反。
果然不出他所料，上疏以后，皇上震怒，令三法司核实后奏闻。徐阶急忙带着圣旨出宫来，三法司官员齐集在宫门外候旨。徐阶只简略地问了他们几句话，就回家去草拟奏疏。在奏疏中他极力上言事已属实。
就这样，严世蕃终于罪有应得地被判斩首，严嵩被黜为民，严府被抄，人心大快。