董卓如愿以偿册立新君。
由来只有新人笑，哪闻旧人哭，自古被废的皇帝就没有好结局。董卓自然不会放过何太后母子。
刘辩九月一日被黜，九月三日，董卓便派亲信郎中令李儒用毒酒毒死何太后，对外的官方说法是抱病而亡，这不过是自欺欺人，欲盖弥彰。天下谁人不知，真正的凶手是董卓，可谁又敢说呢？关东兵起，董卓又用相同的方式毒杀弘农王刘辩，执行人仍是李儒。
直到十月三日，陈尸整整一月的何太后遗体才被允许下葬，与灵帝合葬文陵（后改称文昭陵）。董卓趁合葬开启文陵之际，顺手牵羊顺走了不少陪葬金银宝物。太后之母舞阳君也被董卓处死，董卓甚至将已经入土的何苗尸体挖出肢解。何氏被董卓彻底铲除，连死人都不放过！
献帝东迁后，曹操掌权开始政治清算，当时死于董卓、李郭之乱者得到抚恤一一封侯，与董卓、李傕、郭汜凉州集团关系密切者则被处以极刑。何氏只有何进被视为有功之臣。
袁绍曾在奏章中写道：故大将军何进忠国疾乱，义心赫怒。何进在东汉的历史定位是忠臣。何氏血脉只有何晏（何进之孙）这一支保留下来。