13世纪，印度受到入侵，大量僧侣逃亡入藏，印度后期学术中心超戒寺的经论几乎全部移入西藏，因此藏传佛教虽然显密皆传，却以密教为盛。另有从尼泊尔、青海、康藏等地进藏的僧侣，因流派传承不同，一些高僧大德便对佛教教义的理解和看法进行著书立说，自成体系，因而逐渐形成宗教教义与修行方法不同的教派，此乃后弘期的特色。其中以四大派最为著名：
一、宁玛派：俗称“红教”，乃11、12世纪时，由素尔家族的三人，依莲华生所传入的密咒及“伏藏”经典所创的一派。尊莲华生为祖师，重密轻显，以无上瑜伽为究竟，根本教义为“大圆满法”[19]。
二、萨迦派：俗称“花教”，创始人为贡却杰布（1034—1102），以瑜伽行中观派的见解为主流，盛行唯识、中观的研究，主要教义为“道果法”。第五祖八思巴（1239—1280），受元世祖封为“大宝法王”，赐予全藏政、经、军权，不仅在西藏地方有着统治地位，对于元朝政治亦有举足轻重的影响力[20]。
三、噶举派：俗称“白教”，为噶当派的支派，由玛尔巴、米拉日巴在公元第11世纪中期创立。主张显密兼修，教义传承以月称的应成中观派思想为主，密法则侧重“大印”的修法[21]。