玄因两军交战，时遣侦骑探报，侦骑见了疑兵，即返报裕军四塞，不知多少。玄亟遣武卫将军庾赜之，带领精兵，往援谦军，暗中却使领军将军殷仲文，至石头城预备船只，以便逃走。忽有探马踉跄入报，说是桓谦卞范之两军，俱已败溃。玄忙集亲信数千人，仓皇出奔，口中还声言赴战，挈同子昇及兄子濬，出南掖门。适遇前相国参军胡藩，叩马谏阻道：“今羽林射手，尚有八百，非亲即故，彼受陛下累世厚恩，应肯效力，乃不驱令一战，偏舍此他去，究竟何处可以安身？”玄不暇对答，但用鞭向天一指，便即策马西走。驰至石头，见仲文已备齐船只，即下船驶行。船中未曾备粮，经日不食。及驶至百里外，方从岸上觅得粗粝，刈苇为炊，大众才得一饱。玄勉强取食，咽不能下，由子昇代为抚胸，惹得玄涕泣俱下，复恐追兵到来，径往寻阳去了。
惟建康城内，已无主子，司徒王谧等，当然背玄，迎裕入都。王仲德抱元德子方回，出城候裕。裕接见后，便将方回抱入怀中，与仲德对哭一场，面授仲德为中兵参军，追赠元德为给事中，然后将方回缴还仲德，引兵驰入都中。越日，移屯石头城，设立留台，令百官照常办事，取出桓温神主，至宣阳门外毁去，另造晋室新主，奉入太庙。又派刘毅等追玄，所有桓氏族党，留居建康，尽行捕诛。再使部将臧熹入宫检收图书器物，封闭府库，熹一一敛贮，毫无所私。裕乃倡言迎驾，使尚书王嘏，率百官往寻阳，迎还安帝。嘏与百官奉令去讫，惟王谧居守留台，推裕领扬州军事。裕一再固辞，让谧为扬州刺史，仍领司徒，兼官侍中，录尚书事。谧复推裕都督扬徐兖豫青冀幽并八州，领徐州刺史，裕即受任不辞。辞扬州而不辞八州，其意可知。当下令毅为青州刺史，何无忌为琅琊内史，孟昶为丹阳尹，刘道规为义昌太守。凡军国处置，俱委任刘穆之，仓猝办定，无不就绪，朝野翕然。只诸葛长民前与裕约，谋据历阳，事尚未发，为刺史刁逵所闻，将他拘住，槛送建康。行亚当利，闻得桓玄出走，建康已属刘裕，解差乐得用情，破槛放出长民，还趋历阳。历阳兵民，乘机反正，逐去刺史刁逵，逵弃城出走，正与长民相值，再经城中兵士追来，无从逃避，只好下马受缚，由他解送石头，一刀处死。子侄等亦皆骈戮，惟季弟给事中刁聘，幸得赦免。裕令魏咏之为豫州刺史，镇守历阳，诸葛长民为宣城内史。先是裕少年微贱，轻狡无行，名流多不与往来，惟王谧素来重裕，尝语裕道：“卿当为一代英雄。”裕亦因此自负。会与刁逵赌博，输资不偿，逵缚诸树上，责令还值，嗣由谧代为偿还，方得释裕。裕感谧愈深，恨逵亦愈甚，至是酬恩报怨，才得伸志。惟桓玄篡位时，谧实助玄为虐，手解安帝玺绶，献与桓玄。见前回。时论皆不直王谧，谓宜声罪伏诛，独裕力为保全，谧才得无恙。因私废公，终属非是。